Il Museo di Pittura Murale fa parte dell’ex complesso conventuale di S. Domenico a Prato, costruito dal 1283 al 1316. Di fianco alla facciata della chiesa è l’accesso al vasto chiostro rinascimentale del convento, su colonne ioniche (1478-80), ornato da monumenti funebri e lapidi del XVI-XIX secolo. Dal chiostro si accede al Museo di Pittura Murale. Il Museo fu creato nel 1974, prima struttura italiana di questo tipo, per un “ricovero attivo” di affreschi staccati, sinopie, graffiti, che non potevano essere ricollocati nei luoghi di provenienza.
Dal 1998 la struttura fu modificata, per poter accogliere, accanto a una selezione di opere della collezione permanente del museo, le principali opere tre-quattrocentesche del Museo Civico, chiuso in quell’anno per restauro, realizzando la mostra “I Tesori della città. Pittura del Tre-Quattrocento a Prato”. Tra le opere più importanti esposte nel museo sono le sinopie degli affreschi di Paolo Uccello, provenienti dalla Cappella dell’Assunta in Cattedrale, uno dei cicli pittorici più importanti del primo Rinascimento (1435-36) che il pittore
lasciò interrotto e che fu completato da Andrea di Giusto. Di questo ciclo, oltre alle sinopie, è esposto nel museo l’affresco col vigoroso Beato Iacopone da Todi. Altre opere di rilievo sono le sinopie e l’affresco staccato del tabernacolo, dipinto da Niccolò Gerini nel 1391, per il giardino del palazzo di Francesco Datini, e le sinopie dell’imponente Tabernacolo di Sant’Anna, provenienti da Figline di Prato, opera di Agnolo Gaddi (1390 circa). Nell’atrio d’ingresso è collocato il grande affresco staccato, che rappresenta Cristo servito dagli angeli,
proveniente dal convento fiorentino di Santa Teresa, datato 1650 e siglato da Baldassarre Franceschini, detto il Volterrano (1611-1690). Infine, di notevole interesse, sono i graffiti rinascimentali attribuiti al pratese Girolamo Ristori (1455 circa -1512), ritrovati nel giardino di Palazzo Vai, rarissimo esempio di decorazione figurata  quattrocentesca da esterni, con scene di vita cortese e una scena mitologica.
Le opere più importanti della collezione del Museo Civico, esposte temporaneamente nella mostra “I Tesori della città”, sono: la raffinata predella con Storie della Sacra Cintola di Bernardo Daddi (1337-1338), lo splendido polittico di Giovanni da Milano (Madonna col Bambino in trono tra i santi Caterina d’Alessandria, Bernardo, Bartolomeo e Barnaba, 1353-63) e una notevole serie di pale da altare, dipinte da Filippo Lippi e dalla sua scuola (la celebre Pala del Ceppo, del 1453, la raffinata Natività con i santi Giorgio e Vincenzo Ferrer, del 1456-60, l’Assunta che dà la Cintola a San Tommaso e santi, del 1456 ca.). Sono esposte importanti opere anche del figlio di Filippo, il raffinato Filippino Lippi: il Tabernacolo del Mercatale (affresco staccato del 1498) e la pala con la Madonna e il Bambino tra i santi Stefano e Giovanni Battista (1503). Vi è, inoltre, un Crocifisso sagomato del Botticelli, un tondo di Raffaellino del Garbo e uno di Luca Signorelli.